{{{#!div class="wiki-toc"" * [wiki:UserManualPL Spis treści] * [wiki:Wymagania Wymagania] * [wiki:Instalacja Instalacja] * [wiki:Uruchamianie Uruchamianie] * '''[wiki:Zlecanie Zlecanie zadań]''' * [wiki:Zlecanie#Wyb%C3%B3rplikudozlecenia Wybór pliku do zlecenia] * [wiki:Zlecanie#Zlecenieprostegozadania Zlecanie prostego zadania] * [wiki:Zlecanie#Podstawoweparametryzadania Podstawowe parametry zadania] * [wiki:Zlecanie#Zaawansowaneparametryzadania Zaawansowane parametry zadania] * [wiki:Zlecanie#Zadaniaparametryczneang.parametersweep Zadania parametryczne] * [wiki:Zlecanie#Monitoring Monitoring] * [wiki:Zlecanie#Dodatkoweinformacje Dodatkowe informacje] * [wiki:GlowneOkno Monitorowanie i kontrola zadań] * [wiki:Pobieranie Podgląd i pobranie wyników] * [wiki:Konfiguracja Konfiguracja] * [wiki:Aplikacje Lista wspieranych aplikacji] }}} = Zlecanie zadań = W ogólności zlecanie zadań poprzez QCG-Icon sprowadza się do wykonania 4 kroków: 1. Wybrania głównego pliku wejściowego dla zadania (obowiązkowo). 2. Dołączenia dodatkowych plików wejściowych do zadania (opcjonalnie). 3. Określenia parametrów dla zadania (opcjonalnie - w przypadku nie podania wartości dla parametrów obowiązkowych, są one ustawiane na domyślne). 4. Kliknięcia przycisku //Zleć// w oknie zlecania zadania. (obowiązkowo) == Wybór pliku do zlecenia == Zlecanie zadań w //QCG-Icon// zostało zintegrowane z systemem Windows. Po zainstalowaniu //QCG-Icon//, dla plików o rozszerzeniach odpowiadających wspieranym przez //QCG-Icon// aplikacjom, w menu kontekstowym eksploratora Windows została dodana akcja ''Zleć zadanie''. [[Image(38_zlec_z_eksploratora.PNG, center, width=400px)]][[BR]][[BR]] Użytkownicy mają także możliwość wybrania pliku do zlecenia korzystając z opcji //Plik -> Zleć zadanie...// z menu głównego programu lub wykorzystując opcję //Zleć zadanie...// dostępną w menu kontekstowym po kliknięciu w ikonę programu //QCG-Icon// na tacce systemowej:[[BR]][[BR]] [[Image(46_zlecanie.PNG, center)]][[BR]] Ponadto, dla zadań już raz zleconych, dostępne są akcje //Zleć ponownie// oraz //Zleć ponownie...// w menu kontekstowym tabeli zadań (zostaną utworzone nowe zadania, wyniki już obliczonych zadań '''nie zostaną''' nadpisane):[[BR]][[BR]] [[Image(35_menu_kontekstowe_m.PNG, center, width=800px)]] == Zlecenie prostego zadania == Niniejsza sekcja prezentuje proces zlecania bardzo prostego zadania wykorzystującego pakiet MATLAB. Do demonstracji użyto skryptu [attachment:simplePlot.m simplePlot.m] [[Image(przykladowy_skrypt.png, center)]] 1. Aby rozpocząć proces zlecania zadania, należy kliknąć prawym przyciskiem myszy na główny plik zadania i wybrać akcję ''Zleć zadanie...'' lub wybrać ten plik z poziomu programu //QCG-Icon//: [[Image(38_zlec_z_eksploratora.PNG, center, width=400px)]] 2. Po wybraniu pliku użytkownikowi zostanie pokazane okno zlecania zadania: [[Image(19_okno_zlecania_podstawowe_parametry.PNG, center)]] 3. Okno zlecania zadania pozwala m.in. na określenie dodatkowych plików wejściowych, a także na zdefiniowanie szeregu parametrów dla zadania, np. określających wymagania zasobowe. Szczegółowy opis poszczególnych parametrów zawarty jest w dalszej części rozdziału. 4. Ponieważ prezentowane zadanie jest wyjątkowo proste nie ma konieczności dołączania do niego plików, jak również nie jest konieczna modyfikacja wartości większości z parametrów. Należy mieć jednak na uwadze, że jeśli żaden grant nie został oznaczony jako domyślny, konieczne będzie wybranie jednego z dostępnych grantów. Zaleca się także zmniejszenie wartości parametru //Czas obliczeń// do kilku minut, co spowoduje skrócenie czasu oczekiwania w kolejce. 5. Gdy parametry zostaną odpowiednio ustawione można zadanie zlecić poprzez kliknięcie //Zleć zadanie//. W tym momencie, //QCG-Icon// uwzględniając ustawienia parametrów, rozpocznie proces zlecania zadania na jeden z zasobów dostępnych w ramach infrastruktury. 6. W przypadku nieważnego certyfikatu proxy, //QCG-Icon// może poprosić o hasło do certyfikatu użytkownika, w celu wygenerowania nowego certyfikatu proxy 7. Postęp zlecania zadania jest na bieżąco prezentowany: [[Image(25_zlecanie_zadania_progress.PNG, center)]] 8. Po zleceniu zadania, w momencie jego zakolejkowania, zamykane jest okno zlecania oraz pojawia się dymek potwierdzający zlecenie: [[Image(26_dymek_zadanie_zlecone.PNG, center)]] 9. Każde zlecone zadanie może być następnie monitorowane i zarządzane w [wiki:GlowneOkno głównym oknie] aplikacji. == Podstawowe parametry zadania == Okno zlecania QCG-Icon posiada 4 zakładki określające parametry o różnym stopniu szczegółowości i zaawansowania. Główny widok programu prezentuje //Podstawowe parametry zadania//: [[Image(19_okno_zlecania_podstawowe_parametry.PNG, center)]] Widok ten zawiera następujące elementy, które mogą być zmieniane: * nazwę zadania (domyślnie jest nią nazwa głównego skryptu); * pliki które mają być przesłane razem ze zlecanym skryptem; można też zaznaczyć katalog, co spowoduje rekursywne dołączenie jego zawartości; * aplikację, która ma zostać uruchomiona; * wersję aplikacji; * zasób na który zadanie ma zostać zlecone; * kolejkę do której zadanie zostanie zlecone; * limit na czas wykonywania zadania (//ang. walltime limit//); * limit pamięci operacyjnej dla zadania; * nazwę grantu w ramach którego zadanie ma być zlecone (jeśli ma być użyty inny grant niż domyślny); * charakter obliczeń: czy aplikacja ma się liczyć sekwencyjnie czy równolegle; * w przypadku aplikacji równoległej: liczbę węzłów i rdzeni na węzeł. Zasoby dostępne w architekturze PL-Grid nie mają zainstalowanych wszystkich obsługiwanych przez //QCG-Icon// aplikacji. Aby pobrać aktualną listę aplikacji, należy wybrać "Sprawdź dostępność". Opcja ta spowoduje sprawdzenie jakie aplikacje są w danym momencie oferowane na zasobach. Wykonanie tej operacji wymaga dostępu do zasobów, a więc użytkownik może zostać poproszony o podanie hasła do certyfikatu. == Zaawansowane parametry zadania == Po wybraniu zakładki //Zaawansowane parametry zadania// użytkownik ma możliwość określenia dodatkowych elementów: [[Image(20_okno_zlecania_zaawansowane_parametry.PNG, center)]] * specjalnych atrybutów dla węzłów; * żądania licencji jaka ma być zastosowana do używanych programów; * natywnych parametrów systemów kolejkowych; * identyfikatora stworzonej wcześniej rezerwacji w ramach której zadanie ma zostać uruchomione; * zdefiniowania czy wyniki obliczeń, po zakończeniu zadania, mają być automatycznie pobrane, zostawione na serwerze lub z serwera usunięte; * dodatkowych skryptów, które będą wykonywane przed, po lub w trakcie obliczeń (po kliknięciu w "..."): [[Image(21_okno_zlecania_zaawansowane_parametry_skrypty.PNG, center)]] == Zadania parametryczne (ang. parameter sweep) == W przypadku programu //QCG-Icon// istnieje możliwośc zlecenia wielu zadań równocześnie, różniących się jedynie jednym parametrem: zmienną środowiskową. Do tego celu przeznaczona jest trzecia zakładka okna zlecania zadania, //Parameter Sweep//: [[Image(23_okno_zlecania_parameter_sweep_on.PNG,center)]] Zdefiniowanie zadania parametrycznego polega na zaznaczeniu pola "parameter sweep" i wypełnieniu odpowiednio pól: "Rozpocznij od", "Inkrementuj o", "Zakończ na". Dla przykładu, wypełnienie tych pól warościami 1, 2, 10 będzie skutkowało zleceniem 5 zadań w których warość zmiennej `QCG_STEP_INDEX` będzie wynosiła odpowiednio: 1,3,5,7,9. Sposób odczytania w programie zmiennej `QCG_STEP_INDEX` jest zależny od typu aplikacji i dla przykładu w skryptach programu MATLAB może wyglądać następująco: {{{ N = str2num(getenv('QCG_STEP_INDEX')); factorial(N) }}} == Monitoring == Zakładka Monitoring została dodana w wersji 1.5.0 programu QCG-Icon w celu umożliwienia korzystania z zewnętrznych metod monitorowania uruchamianych zadań. Użytkownicy mają możliwość wyboru spośród 3 podstawowych metod monitorowania, a mianowicie: * monitorowanie poprzez komunikaty XMPP; * monitorowanie poprzez e-Mail; * monitorowanie wykorzystujące portal monitoringu (dostępny pod adresem [[https://qcg-monitoring.man.poznan.pl]]). [[Image(24_okno_zlecania_monitoring.PNG, center)]] Wybór którejkolwiek z opcji z listy rozwijanej spowoduje wyświetlenie odpowiednich elementów formularza, które należy dostosować do własnych wymagań: * Częstotliwość monitoringu (XMPP|E-Mail|Portal) - Oczekiwana częstotliwość wykonywania zdarzeń monitorujących. Przykładowo, ustawienie przez użytkownika wartości pola na 60 oznacza chęć otrzymywania powiadomień (w zależności od wybranej opcji w formie komunikatów XMPP, wiadomości E-Mail albo aktualizacji portalu) zawierających zmiany z pliku wyjściowego aplikacji w odstępach 60-cio sekundowych. Należy mieć na uwadze, iż rzeczywista częstotliwość wysyłania jest zależna od kilku czynników i może być inna niż oczekiwana przez użytkownika. * Wyrażenie monitorujące (XMPP|E-Mail) - Wyrażenie lub nazwa skryptu wykorzystywane do filtrowania pliku wyjściowego aplikacji. Wyrażenie może być użyte w celu konstruowania czytelnych i zwięzłych wiadomości monitorujących, pozbawionych nadmiarowych informacji. Wartością pola może być prosty ciąg znaków (np. ENERGY), wyrażenie regularne (np. ENE*) lub nazwa skryptu, który wyświetli odpowiednie linie z plików wyjściowych. * Schemat monitorowania (Portal) - Określa w jaki sposób informacje o postępie wykonywania aplikacji będą prezentowane w portalu monitoringu. Jeżeli pole pozostanie puste, użyty zostanie domyślny schemat monitoringu dla wybranej aplikacji * Nazwa użytkownika XMPP (XMPP)- adres JID, np. jan.kowalski@xmpp.server.ex, pod który będą wysyłane wiadomości XMPP. * Adres E-Mail (E-Mail)- Adres użytkownika na jaki mają być wysyłane wiadomości E-Mail. == Dodatkowe informacje == === Specyfika uruchamiania wybranych aplikacji === - Skrypty [[MATLAB]] - Symulacje [[Gaussian]] - Skrypty [[Mathematica]] - Skrypty [[R-language|R]] - Symulacje [[TURBOMOLE]] === Opis dostępnych zasobów === Program //QCG-Icon// pozwala na wybranie klastra na którym ma się liczyć zadanie. Z tego względu przydatne jest zapoznanie się ze szczegółowym opisem zasobów dostępnych w ramach platformy PL-Grid: [http://www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC] [wiki:Uruchamianie <<<] [wiki:UserManualPL Spis treści] [wiki:GlowneOkno >>>]