Zlecanie zadań

W ogólności zlecanie zadań poprzez QCG-Icon sprowadza się do wykonania 4 kroków:

1. Wybrania głównego pliku wejściowego dla zadania (obowiązkowo).
2. Dołączenia dodatkowych plików wejściowych do zadania (opcjonalnie).
3. Określenia parametrów dla zadania (opcjonalnie - w przypadku nie podania wartości dla parametrów obowiązkowych, są one ustawiane na domyślne).
4. Kliknięcia przycisku Zleć w oknie zlecania zadania. (obowiązkowo)

Wybór pliku do zlecenia

Zlecanie zadań w QCG-Icon zostało zintegrowane z systemem Windows. Po zainstalowaniu QCG-Icon, dla plików o rozszerzeniach odpowiadających wspieranym przez QCG-Icon aplikacjom, w menu kontekstowym eksploratora Windows została dodana akcja Zleć zadanie.

Użytkownicy mają także możliwość wybrania opcji Plik -> Zleć zadanie... z menu głównego programu QCG-Icon aby wskazać plik do zlecenia:

Ponadto, dla zadań już raz zleconych, dostępne są akcje Zleć ponownie oraz Zleć ponownie... w menu kontekstowym tabeli zadań:

Zlecenie prostego zadania

Niniejsza sekcja prezentuje proces zlecania bardzo prostego zadania wykorzystującego pakiet MATLAB. Do demonstracji użyto skryptu simplePlot.m

1. Aby rozpocząć proces zlecania zadania, należy kliknąć prawym przyciskiem myszy na główny skrypt i wybrać akcję Zleć zadanie... lub wybrać plik za pomocą Menu głównego okna QCG-Icon: Plik -> Zleć zadanie... W tym momencie pojawi się okno zlecania zadania:

Okno to pozwala m.in. na określenie dodatkowych plików wejściowych, a także na zdefiniowanie szeregu parametrów dla zadania, np. określających wymagania zasobowe. Szczegółowy opis poszczególnych parametrów zawarty jest w dalszej części rozdziału.

Ponieważ prezentowane zadanie jest wyjątkowo proste, nie ma konieczności dołączania do niego dodatkowych plików, jak również, w zasadzie, nie ma potrzeby zmiany wartości poszczególnych parametrów. Jedynym sugerowaną zmianą jest zmniejszenie wartości parametru Czas obliczeń do kilku minut, co spowoduje skrócenie czasu oczekiwania w kolejce.

2. Gdy parametry zostaną odpowiednio ustawione można zadanie zlecić poprzez kliknięcie Zleć zadanie. W tym momencie, QCG-Icon uwzględniając ustawienia parametrów, rozpocznie proces zlecania zadania na jeden z zasobów dostępnych w ramach infrastruktury.

3. W przypadku nieważnego certyfikatu proxy, QCG-Icon może poprosić o hasło do certyfikatu użytkownika, w celu wygenerowania nowego certyfikatu proxy:

4. Postęp zlecania zadania jest na bieżąco prezentowany:

W tym oknie można:

• zmienić nazwę zadania (domyślnie jest nią nazwa głównego skryptu),
• wybrać pliki które mają być przesłane razem ze zlecanym skryptem. Można też zaznaczyć katalog, co spowoduje rekursywne dołączenie jego zawartości,
• wybrać zasób na którym ma się liczyć zadanie (klaster obliczeniowy),
• wybrać kolejkę do której zadanie zostanie zlecone,
• ustawić limit na czas wykonywania zadania (ang. walltime limit),
• ustawić limit pamięci operacyjnej dla zadania,
• ustawić nazwę grantu w ramach którego zlecane są zadania,
• ustawić specjalne atrybuty dla węzłów,
• wybrać na ilu procesorów ma być zlecone zadanie,
• zażądać licencji do używanych programów,
• skonfigurować zlecenie wielu zadań z podanymi parametrami.
• dołączyć dodatkowe skrypty, które będą wykonywane przed, po lub w trakcie obliczeń.
• zdefiniować czy wyniki obliczeń, po zakończeniu zadania, mają być automatycznie pobrane, zostawione na serwerze lub z serwera usunięte.

Zasoby dostępne w architekturze PL-Grid nie mają zainstalowanych wszystkich obsługiwanych przez QCG-Icon aplikacji.

Aby pobrać aktualną listę aplikacji, należy wybrać "Sprawdź dostępność". Opcja ta spowoduje sprawdzenie jakie aplikacje są w danym momencie oferowane na zasobach. Wykonanie tej operacji wymaga dostępu do zasobów, a więc użytkownik może zostać poproszony o podanie hasła do certyfikatu.

Przykładowe ustawienie dla zadania prezentuje poniższy zrzut ekranu:

2. Po dokonaniu ustawień należy wybrać przycisk Zleć zadanie.

3. Po zatwierdzeniu zlecenia zadania wyświetlane jest okno postępu zlecania.

4. Podczas zlecania zadania użytkownik jest zobowiązany podać hasło do certyfikatu:

5. Z kolei okno postępu pokazuje na jakim etapie zlecania znajduje się zadanie.

6. Po zleceniu zadania, w momencie jego zakolejkowania, zamykane jest okno zlecania oraz pojawia się dymek informujący o zleceniu zadania:

7. Każde zlecone zadanie może być następnie monitorowane i zarządzane w głównym oknie aplikacji.

Zlecanie zadań parametrycznych (ang. parametr sweep)

W przypadku programu QCG-Icon istnieje możliwośc zlecenia wielu zadań równocześnie, różniących się jedynie jednym parametrem: zmienną środowiskową. W tym celu w oknie zlecania należy zaznaczyć pole "parameter sweep" i wypełnić odpowienio pola: "Rozpocznij od", "Inkrementuj o", "Zakończ na". Dla przykładu, wypełnienie tych pól warościami 1, 2, 10 będzie skutkowało zleceniem 5 zadań w których warość zmiennej QCG_STEP_INDEX będzie wynosiła odpowiednio: 1,3,5,7,9.

Sposób odczytania w programie zmiennej QCG_STEP_INDEX jest zależny od typu aplikacji i dla przykładu w skryptach programu MATLAB może wyglądać następująco:

 N = str2num(getenv('QCG_STEP_INDEX'));
 factorial(N)  

Dodatkowe informacje dotyczące zlecania specyficzne dla danej aplikacji

• Skrypty MATLAB
• Symulacje Gaussian
• Skrypty Mathematica
• Skrypty R
• Symulacje TURBOMOLE

Opis dostępnych zasobów

Program QCG-Icon pozwala na wybranie klastra na którym ma się liczyć zadanie. Z tego względu przydatne jest zapoznanie się ze szczegółowym opisem zasobów dostępnych w ramach platformy PL-Grid:  http://www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC

<<< Spis treści >>>