Version 89 (modified by bartek, 10 years ago) (diff) |
---|
Zlecanie zadań
W ogólności zlecanie zadań poprzez QCG-Icon sprowadza się do wykonania 4 kroków:
- Wybrania głównego pliku wejściowego dla zadania (obowiązkowo).
- Dołączenia dodatkowych plików wejściowych do zadania (opcjonalnie).
- Określenia parametrów dla zadania (opcjonalnie - w przypadku nie podania wartości dla parametrów obowiązkowych, są one ustawiane na domyślne).
- Kliknięcia przycisku Zleć w oknie zlecania zadania. (obowiązkowo)
Wybór pliku do zlecenia
Zlecanie zadań w QCG-Icon zostało zintegrowane z systemem Windows. Po zainstalowaniu QCG-Icon, dla plików o rozszerzeniach odpowiadających wspieranym przez QCG-Icon aplikacjom, w menu kontekstowym eksploratora Windows została dodana akcja Zleć zadanie.
Użytkownicy mają także możliwość wybrania opcji Plik -> Zleć zadanie... z menu głównego programu QCG-Icon aby wskazać plik do zlecenia:
Ponadto, dla zadań już raz zleconych, dostępne są akcje Zleć ponownie oraz Zleć ponownie... w menu kontekstowym tabeli zadań (wyniki już obliczonych zadań nie zostaną nadpisane).
Zlecenie prostego zadania
Niniejsza sekcja prezentuje proces zlecania bardzo prostego zadania wykorzystującego pakiet MATLAB. Do demonstracji użyto skryptu simplePlot.m
- Aby rozpocząć proces zlecania zadania, należy kliknąć prawym przyciskiem myszy na główny skrypt i wybrać akcję Zleć zadanie... lub wybrać plik za pomocą Menu głównego okna QCG-Icon: Plik -> Zleć zadanie... W tym momencie pojawi się okno zlecania zadania. Okno to pozwala m.in. na określenie dodatkowych plików wejściowych, a także na zdefiniowanie szeregu parametrów dla zadania, np. określających wymagania zasobowe. Szczegółowy opis poszczególnych parametrów zawarty jest w dalszej części rozdziału. Ponieważ prezentowane zadanie jest wyjątkowo proste, nie ma konieczności dołączania do niego dodatkowych plików, jak również, w zasadzie, nie ma potrzeby zmiany wartości poszczególnych parametrów. Jedynym sugerowaną zmianą jest zmniejszenie wartości parametru Czas obliczeń do kilku minut, co spowoduje skrócenie czasu oczekiwania w kolejce.
- Gdy parametry zostaną odpowiednio ustawione można zadanie zlecić poprzez kliknięcie Zleć zadanie. W tym momencie, QCG-Icon uwzględniając ustawienia parametrów, rozpocznie proces zlecania zadania na jeden z zasobów dostępnych w ramach infrastruktury.
- W przypadku nieważnego certyfikatu proxy, QCG-Icon może poprosić o hasło do certyfikatu użytkownika, w celu wygenerowania nowego certyfikatu proxy:
- Postęp zlecania zadania jest na bieżąco prezentowany:
W tym oknie można:
- zmienić nazwę zadania (domyślnie jest nią nazwa głównego skryptu),
- wybrać pliki które mają być przesłane razem ze zlecanym skryptem. Można też zaznaczyć katalog, co spowoduje rekursywne dołączenie jego zawartości,
- wybrać zasób na którym ma się liczyć zadanie (klaster obliczeniowy),
- wybrać kolejkę do której zadanie zostanie zlecone,
- ustawić limit na czas wykonywania zadania (ang. walltime limit),
- ustawić limit pamięci operacyjnej dla zadania,
- ustawić nazwę grantu w ramach którego zlecane są zadania,
- ustawić specjalne atrybuty dla węzłów,
- wybrać na ilu procesorów ma być zlecone zadanie,
- zażądać licencji do używanych programów,
- skonfigurować zlecenie wielu zadań z podanymi parametrami.
- dołączyć dodatkowe skrypty, które będą wykonywane przed, po lub w trakcie obliczeń.
- zdefiniować czy wyniki obliczeń, po zakończeniu zadania, mają być automatycznie pobrane, zostawione na serwerze lub z serwera usunięte.
Zasoby dostępne w architekturze PL-Grid nie mają zainstalowanych wszystkich obsługiwanych przez QCG-Icon aplikacji.
Aby pobrać aktualną listę aplikacji, należy wybrać "Sprawdź dostępność". Opcja ta spowoduje sprawdzenie jakie aplikacje są w danym momencie oferowane na zasobach. Wykonanie tej operacji wymaga dostępu do zasobów, a więc użytkownik może zostać poproszony o podanie hasła do certyfikatu.
Przykładowe ustawienie dla zadania prezentuje poniższy zrzut ekranu:
- Po dokonaniu ustawień należy wybrać przycisk Zleć zadanie.
- Po zatwierdzeniu zlecenia zadania wyświetlane jest okno postępu zlecania.
- Podczas zlecania zadania użytkownik jest zobowiązany podać hasło do certyfikatu:
- Z kolei okno postępu pokazuje na jakim etapie zlecania znajduje się zadanie.
- Po zleceniu zadania, w momencie jego zakolejkowania, zamykane jest okno zlecania oraz pojawia się dymek informujący o zleceniu zadania:
- Każde zlecone zadanie może być następnie monitorowane i zarządzane w głównym oknie aplikacji.
Zlecanie zadań parametrycznych (ang. parametr sweep)
W przypadku programu QCG-Icon istnieje możliwośc zlecenia wielu zadań równocześnie, różniących się jedynie jednym parametrem: zmienną środowiskową. W tym celu w oknie zlecania należy zaznaczyć pole "parameter sweep" i wypełnić odpowienio pola: "Rozpocznij od", "Inkrementuj o", "Zakończ na". Dla przykładu, wypełnienie tych pól warościami 1, 2, 10 będzie skutkowało zleceniem 5 zadań w których warość zmiennej QCG_STEP_INDEX będzie wynosiła odpowiednio: 1,3,5,7,9.
Sposób odczytania w programie zmiennej QCG_STEP_INDEX jest zależny od typu aplikacji i dla przykładu w skryptach programu MATLAB może wyglądać następująco:
N = str2num(getenv('QCG_STEP_INDEX')); factorial(N)
Dodatkowe informacje dotyczące zlecania specyficzne dla danej aplikacji
- Skrypty MATLAB
- Symulacje Gaussian
- Skrypty Mathematica
- Skrypty R
- Symulacje TURBOMOLE
Opis dostępnych zasobów
Program QCG-Icon pozwala na wybranie klastra na którym ma się liczyć zadanie. Z tego względu przydatne jest zapoznanie się ze szczegółowym opisem zasobów dostępnych w ramach platformy PL-Grid: http://www.plgrid.pl/oferta/zasoby_obliczeniowe/opis_zasobow/HPC
Attachments
- przykladowy_skrypt.png (12.5 KB) - added by jkonczak 13 years ago.
- simplePlot.m (333 bytes) - added by jkonczak 13 years ago.
- 15_menu_plik.PNG (7.8 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 15_menu_plik_m.PNG (7.9 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 38_zlec_z_eksploratora.PNG (22.3 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 35_menu_kontekstowe_m.PNG (9.0 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 25_zlecanie_zadania_progress.PNG (8.2 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 21_okno_zlecania_zaawansowane_parametry_skrypty.PNG (5.2 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 33_zlecanie_namd.PNG (17.8 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 26_dymek_zadanie_zlecone.PNG (3.2 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 46_zlecanie.PNG (9.0 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 20_okno_zlecania_zaawansowane_parametry.PNG (18.5 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 23_okno_zlecania_parameter_sweep_on.PNG (16.8 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 24_okno_zlecania_monitoring.PNG (15.6 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 24_okno_zlecania_monitoring_EMail.PNG (4.1 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 24_okno_zlecania_monitoring_Portal.PNG (3.1 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 24_okno_zlecania_monitoring_XMPP.PNG (4.3 KB) - added by bartek 10 years ago.
- 19_okno_zlecania_podstawowe_parametry.PNG (19.6 KB) - added by bartek 10 years ago.